COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 21.323317
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 21.550805
2021-04-07 17:00:00 14.897085 21.645304 21.745152
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 21.869121
2021-04-05 17:00:00 28.501281 28.501281 22.050278
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 22.129462
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 22.171227

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 11.986228
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 12.294774
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 12.690166
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.687250 12.662269
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.119293 13.063579
2021-04-04 17:00:00 26.937269 16.543665 13.536759
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 14.146073

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 23.918613
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 23.963703
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 23.866682
2021-04-06 17:00:00 10.659898 23.745819 23.707304
2021-04-05 17:00:00 9.248555 23.116438 23.501342
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 23.453954
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 23.345804

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 16.150227
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 15.976527
2021-04-07 17:00:00 9.989737 9.989737 15.704069
2021-04-06 17:00:00 15.449011 34.094368 15.383872
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.402998 14.829559
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 14.650521
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 14.494829

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 13.066980
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 13.253020
2021-04-07 17:00:00 11.882054 11.882054 13.514664
2021-04-06 17:00:00 19.715684 14.369610 13.542669
2021-04-05 17:00:00 23.790013 7.447491 13.705660
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 13.866075
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 14.002476

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 39.719542
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 40.516752
2021-04-07 17:00:00 20.542083 53.191869 40.564864
2021-04-06 17:00:00 60.706063 22.497156 40.714874
2021-04-05 17:00:00 83.688341 43.718887 42.224970
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 43.206762
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 44.022038

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 14.639423
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 15.108899
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 15.494060
2021-04-06 17:00:00 12.909836 17.185698 15.815711
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 16.218860
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 16.503712
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 16.819291

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.764759
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.003864
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.235307
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.735061 7.401663
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.330492 7.535527
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 7.789123
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.001739

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.610966
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.499179
2021-04-07 17:00:00 11.105304 15.884881 16.435662
2021-04-06 17:00:00 17.159763 15.215034 16.565713
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 16.415203
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 16.516294
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 16.632831

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 32.862543
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 33.228010
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 33.576952
2021-04-06 17:00:00 36.406926 34.723992 34.219699
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 35.467019
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 35.840685
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 36.303195

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 14.772822
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 15.023902
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 15.698539
2021-04-06 17:00:00 20.820189 15.983027 15.680668
2021-04-05 17:00:00 10.520231 6.508135 15.508058
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 15.776044
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 16.205392

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 4.623618
2021-04-08 17:00:00 3.375527 4.355717 4.841123
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.724638 4.858148
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.731956
2021-04-05 17:00:00 6.040268 6.040268 4.685362
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 4.739194
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 4.885919

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 7.960994
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 7.977535
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.918478 8.024815
2021-04-06 17:00:00 7.113821 8.146640 8.155203
2021-04-05 17:00:00 14.678899 3.260870 7.943636
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 7.921207
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 7.799190

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 38.682865
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 39.430993
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 40.401591
2021-04-06 17:00:00 13.265306 13.265306 41.039010
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 41.448174
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 41.922497
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 43.008558

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 20.908199
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 21.447989
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 21.831424
2021-04-06 17:00:00 26.817753 11.085090 22.091057
2021-04-05 17:00:00 36.265223 22.538607 22.578630
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 22.982120
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 23.468044

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 42.788134
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 43.440890
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 43.314410
2021-04-06 17:00:00 30.429212 114.734145 42.132412
2021-04-05 17:00:00 31.903864 31.903864 42.342969
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 43.175695
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 43.140219

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.095765
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 9.192642
2021-04-07 17:00:00 9.160571 9.160571 9.449321
2021-04-06 17:00:00 8.437706 8.999721 9.518267
2021-04-05 17:00:00 14.246725 14.246725 9.672430
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 9.773802
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 9.944649

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 13.937766 55.437158 58.426616
2021-04-08 17:00:00 12.748886 67.488201 57.531341
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 55.222109
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 54.355634
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 49.167138
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 43.764342
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 38.814085

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 12.801984
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 13.000905
2021-04-07 17:00:00 12.233973 12.233973 13.205472
2021-04-06 17:00:00 21.554437 7.531611 13.348975
2021-04-05 17:00:00 21.946309 11.012573 13.303152
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 13.410452
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 13.479531

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 21.363269
2021-04-08 17:00:00 16.396568 22.811671 21.375600
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 21.313013
2021-04-06 17:00:00 23.102310 21.343874 21.195787
2021-04-05 17:00:00 50.476190 20.753470 20.492609
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 20.480271
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 20.625068

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 22.879849
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 21.625738
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 20.609220
2021-04-06 17:00:00 36.559140 36.559140 19.595487
2021-04-05 17:00:00 84.269663 84.269663 19.891731
2021-04-04 17:00:00 35.915493 22.887324 19.828580
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 19.645054

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 27.316930
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 28.271909
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 29.696106
2021-04-06 17:00:00 24.889543 24.889543 29.580876
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 29.400046
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 29.835879
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 30.131118

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 20.068611 20.068611 11.986228
Basilicata 27.272727 27.272727 23.918613
Calabria 14.755043 14.755043 16.150227
Campania 13.426261 13.426261 13.066980
Emilia-Romagna 44.900422 44.900422 39.719542
Friuli Venezia Giulia 12.918108 12.918108 14.639423
Lazio 6.903363 6.903363 6.764759
Liguria 15.111271 15.111271 16.610966
Lombardia 30.088738 30.088738 32.862543
Marche 16.986095 16.986095 14.772822
Molise 7.202680 7.202680 4.623618
P.A. Bolzano 6.828057 6.828057 7.960994
P.A. Trento 55.729167 55.729167 38.682865
Piemonte 23.469521 23.469521 20.908199
Puglia 36.094317 36.094317 42.788134
Sardegna 8.864007 8.864007 9.095765
Sicilia 13.937766 55.437158 58.426616
Toscana 14.392523 14.392523 12.801984
Umbria 26.657825 26.657825 21.363269
Valle d'Aosta 27.083333 27.083333 22.879849
Veneto 35.160142 35.160142 27.316930

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri Apr 9 18:20:36 2021 revision 256, d93d4a80